Το Πειραματικό Δημοτικό Σχολείο Φλώρινας, όπως και με την παλαιότερη μορφή του, ως 2ο Πειραματικό Σχολείο, είχε ανέκαθεν στενή συνεργασία με την Παιδαγωγική Σχολή Φλώρινας, ιδιαίτερα στον τομέα που αφορούσε την πρακτική άσκηση των φοιτητών. Με το νέο θεσμικό καθεστώς η συνεργασία αυτή διευρύνθηκε και επισημοποιήθηκε με μια συμφωνία συνεργασίας που υπογράφηκε από τον Πρόεδρο του ΕΠ.Ε.Σ. και τον Πρόεδρο του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης Φλώρινας. Οι δύο πλευρές έχουν συμφωνήσει να συνεργαστούν στους τομείς:
- της πρακτικής άσκησης των φοιτητών του Τμήματος
- της επαγγελματικής ανάπτυξης των εκπαιδευτικών
- της εκπαιδευτικής έρευνας πεδίου στο επίπεδο του Σχολείου
- την υποστήριξη των ομίλων αριστείας που λειτουργούν στο σχολείο
Η συνεργασία αυτή εξειδικεύει, σε ειδικό παράρτημα, τις υποχρεώσεις αμφοτέρων των πλευρών και το ρόλο των υπηρετούντων εκπαιδευτικών και των διδασκόντων σε αυτές.
Συνοπτικά, μέσα στις υποχρεώσεις του Σχολείου και πέρα από τη συνεργασία στον τομέα των τριών φάσεων των πρακτικών ασκήσεων των φοιτητών, βασική συνιστώσα της συνεργασίας αποτελεί η συμμετοχή σε ερευνητικά εκπαιδευτικά προγράμματα που υλοποιεί το Τμήμα, διαθέτοντας εκπαιδευτικούς και υλικοτεχνική υποδομή. Για το σκοπό αυτό, το ΕΠ.Ε.Σ. δέχεται στις αρχές του διδακτικού έτους αιτήματα για ερευνητικά προγράμματα, όπου θα περιγράφονται η σκοπιμότητα της προτεινόμενης πράξης, οι στόχοι της έρευνας, το περιεχόμενο της ερευνητικής πρότασης, οι εμπλεκόμενοι φορείς, η μεθοδολογία υλοποίησης, τα παραδοτέα, καθώς και το χρονοδιάγραμμα υλοποίησης της έρευνας και αποφασίζει για την υλοποίησή τους.
Επίσης, με τη σύμφωνη γνώμη του Διευθυντή του Σχολείου και του εκπαιδευτικού της τάξης, μπορούν να υλοποιούνται μέρη ερευνητικών εργασιών που αφορούν μαθητές ή διδακτικό προσωπικό, όπως συμπλήρωση ερωτηματολογίων, λήψη συνεντεύξεων κ.ά. Αντίστοιχα, το Τμήμα βοηθάει στην υλοποίηση προγραμμάτων που αφορούν σε θέματα επαγγελματικής ανάπτυξης του διδακτικού προσωπικού του, καθώς και στην οργάνωση ημερίδων και εργαστηρίων για εκπαιδευτικούς και γονείς, με κάθε δυνατό τρόπο και κυρίως με τη συμμετοχή σε αυτές μελών Δ.Ε.Π. και χορηγεί σχετικές βεβαιώσεις.
Επιπρόσθετα, συνδράμει στη λειτουργία των Ομίλων Αριστείας του Σχολείου με την παροχή εκπαιδευτικού προσωπικού ή φοιτητών, καθώς και υλικοτεχνικής βοήθειας όπου χρειαστεί.
Ωστόσο, η συνεργασία με ο Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας δεν περιορίζεται μόνο στο Π.Τ.Δ.Ε. αλλά επεκτείνεται και σε άλλα τμήματα, όπως το Τμήμα Νηπιαγωγών και το Τ.Ε.Ε.Τ., με τα οποία υπήρξαν συνεργασίες τόσο στους τομείς της διευρυμένης πρακτικής άσκησης των φοιτητών τους όσο και στην οργάνωση, από κοινού, δράσεων και επιμορφωτικών δραστηριοτήτων.